Pomiędzy miejscowościami Immendingen i Möhringen bieg rzeki zostaje przerwany. Duża część wody Dunaju wsiąka w grunt i przedostaje się pod ziemią jaskiniami krasowymi do tzw. Aachtopf, oddalonego o 14 km największego w Niemczech wywierzyska.
Takie łańcuchy znajdowały się najpierw na odcinku Wiedeń-Bratysława, od 1891 r. W rejonie Żelaznej Bramy (Đerdap) w XX wieku aż do budowy tamy statki były holowane lokomotywami. Przed rozpoczęciem budowy eksperci węgierscy i częściowo austriaccy formułowali obawy przed niszczącym wpływem inwestycji na pobliskie austriackie łęgi naddunajskie, krajobraz i obszary zamieszkane wzdłuż granicy słowacko-węgierskiej. Od 1983 prace zostały spowolnione, zaś w 1984 w Budapeszcie powstał Duna Kör („Koło Dunajskie”) – ruch społeczny na rzecz ochrony rzeki.
W dół rzeki prąd mija miasto Nowy Sad, którego mosty zostały poważnie zniszczone w 1999 r. Przez ponad sześć lat połączeniem między obiema połowami miasta był most pontonowy. Był on otwierany tylko trzy razy w tygodniu, co stanowiło poważną przeszkodę w żegludze na Dunaju. Po otwarciu 11 października 2005 odbudowanego Mostu Wolności Dunaj stał się znowu spławny. Na długości 1070,9 km (37% długości całkowitej) rzeka stanowi granicę państwową, przy czym 4 kraje (Bułgaria, Chorwacja, Mołdawia i Ukraina) mają dostęp tylko do jednego brzegu rzeki.
Ukraińcy twierdzą, że latem zeszłego roku poinformowali o swoich zamiarach stronę rumuńską i nie dostali żadnych uwag. Ponieważ porty na Dunaju są zakorkowane, a na rumuńskim kanale Sulina utworzyły się długie kolejki, Ukraina szuka dodatkowe drogi dla żeglugi rzecznej. Pogłębienia kanału Bystre do 6.5 metrów pozwoli na eksport jeszczcze 500 tysięcy ton zbóż Amazon (NASDAQ:AMZN) Stock Crash Equals Bigger Discount miesięcznie. Jak informuje portal Marine Link, od czasu zeszłorocznej inwazji Rosji, Ukraina zwiększyła głębokość swojego południowo-zachodniego Kanału Bystre na rzece Dunaj z 3,9 metra do 6,5 metra. W celu zwiększenia eksportu produktów rolnych z ukraińskich portów rzecznych, Ukraina planuje jeszcze mocniejsze pogłębienie Dunaju.
W Bułgarii rzeka mimo swojej długości ma mniejsze znaczenie niż w innych krajach. Ponieważ jest jedyną rzeką żeglowną i przebiega przez stosunkowo słabo zaludnioną północ, ma dla kraju z punktu widzenia komunikacji jedynie znaczenie regionalne. Z 12 portów naddunajskich najważniejsze są Swisztow, Ruse, Widyń, Nikopoł, Łom i Silistra; znaczącym przejściem granicznym na północnym zachodzie jest ponadto Orjachowo. W mieście Swisztow Dunaj osiąga swój najdalej wysunięty na południe punkt.
Do dzisiaj energia wodna stanowi jedno z najistotniejszych źródeł energii obu państw – 37,1% w Serbii i 27,6% w Rumunii. Na Słowacji energia wodna z 16% udziału stanowi drugie źródło energii po węglu brunatnym23. Największa część (11% sumarycznej produkcji energii elektrycznej) pochodzi z Elektrowni Gabčíkovo, planowanej pierwotnie jako część podwójnego stopnia wodnego Gabčíkovo-Nagymaros we współpracy z Węgrami. Z planów jednak wycofali się Węgrzy i zostały one zakończone samodzielnie przez stronę słowacką.
Od roku 37 do okresu rządów cesarza Walentyniana I (364–375) limes wzdłuż Dunaju stanowił poza kilkoma przerwami północno-wschodnią granicę cesarstwa rzymskiego. Przejście Dunaju i wkroczenie do Goldman Sachs obniżyli prognozę w indeksie S & P 500 Dacji udało się Rzymianom pod wodzą cesarza Trajana dopiero po dwóch bitwach w latach 102 i 106, po wybudowaniu mostu w 101 r. To zwycięstwo nad Dakami umożliwiło powstanie prowincji Dacji, straconej znów w 271 r.
Dalej płynie zamiast z zachodu na wschód, jak dotąd, przez około 500 km prosto na południe. Sprawa ta toczy się między Rumunią i Ukrainą i dotyczy projektu rozbudowy przez Ukrainę głębokowodnego kanału Dunaj–Morze Czarne w ukraińskiej części delty Dunaju na kanale Bystre. Jak informuje portal Marine Link, Ukraina transportuje zboże przez Kanał Bystre, jednocześnie rozwijając alternatywne trasy dla swojego eksportu. W płynących wodach panuje idealna równowaga, która umożliwia koegzystencję wielu gatunków zwierząt i roślin.
W Niemczech aktywny jest jeszcze tylko jeden zakład rybacki pomiędzy miejscowościami Straubing i Vilshofen. W Austrii na małą skalę łowi się jeszcze ryby w okolicach Linzu i Wiednia. Szczupaka, karpia, lina, okonia, sandacza, brzanę, suma, bieługę28. Pierwotnie Dunaj był szlakiem handlowym otwartym dla każdego, mimo to każde państwo przybrzeżne pobierało opłaty celne. Po raz pierwszy skodyfikował prawo wolnego handlu na Dunaju, Aktualizacja rynku – 6 września – USD Off Post NFP Uple powstała też specjalna Europejska Komisja Dunaju26.
Wskutek wycofywania się Turków wzrosła w tym okresie rola Austro-Węgier. Oprócz austriackich w rejonie Dolnego Dunaju nadal widoczne były jednak wpływy imperium osmańskiego, aż do ostatecznej straty obszarów na Bałkanach po wojnach rosyjsko-tureckich (1768–1774) oraz I i II wojnie bałkańskiej w latach 1912–1913. Dunaj w tym czasie stanowił nie tylko oś militarną i gospodarczą, ale także polityczną, kulturalną i religijną granicę między Wschodem a Zachodem. Rumunia wyraziła obawy, że wszelkie prace związane z pogłębianiem drogi wodnej przez wspólny obszar Delty Dunaju mogą zagrozić dzikiej przyrodzie i naruszyć międzynarodowe traktaty o ochronie środowiska. W delcie rośnie ponad gatunków roślin, występuje 300 gatunków ptaków, a także 85 gatunków ryb słodkowodnych, które żyją w licznych jeziorach i bagnach. Delta Dunaju została wpisana na listę światowego dziedzictwa UNESCO i rezerwatów biosfery.
Ten odcinek Dunaju jest drogą wodną landu (Landeswasserstraße), możliwą do pokonania zmotoryzowanymi pojazdami jedynie ze specjalnym pozwoleniem24. Publiczną drogą ruchu (Bundeswasserstraße w Niemczech), dostępną również dla większych statków, Dunaj jest dopiero od miasta Kelheim (prawie 500 km od źródła) przez całe 2415 km aż do ujścia. Kanał Ren–Men–Dunaj, uchodzący do Dunaju przy Kelheim, uzupełnia ciągłą drogę wodną od Morza Północnego przez Ren i Men aż do Morza Czarnego. Podobnie jak inne rzeki, tak i Dunaj od początku industrializacji spotkało wiele ludzkich ingerencji.
Wśród drzew łęgów jesionowo-wiązowych godnym wzmianki jest jesion wąskolistny (Fraxinus angustifolia), który występuje w dół od Wiednia, do kolejnych należą wiąz pospolity i szypułkowy oraz dąb szypułkowy. W Dunaju znajdują się też rzadkie rośliny wodne, jak aldrowanda pęcherzykowata. Na brzegach Dunaju, będącego granicą słowacko-węgierską, leży pierwsze większe miasto węgierskie Győr. Ważniejszymi dopływami Dunaju w Austrii są Inn (prawy; przy granicy z Niemcami), Aist (lewy), Traun (prawy), Aniza (prawy), Ybbs (prawy), Traisen (prawy), Kamp (lewy), Wien (prawy) i Schwechat (prawy). Do dziś duże ilości wód Dunaju spływają przez porowate skały wapienne Jury Szwabskiej do głębiej położonego Renu.
W sobotę przez ukraińskie porty na Dunaju przeszło 11 statków ze zbożem o łącznej wadze 45 tys. Ekolodzy obawiają się, że pogłębienie kanału Bystre obniży poziom wody w całej delcie Dunaju, zagrażając zwierzętom i roślinom. Przez tysiąclecia łodzie mogły poruszać się pod prąd Dunaju jedynie przy pomocy burłaków, przemieszczających się wzdłuż rzeki drogami nazywanymi po niemiecku Treppelpfade. Przy tym łodzie były przez długi czas ciągnięte przez ludzi, a od XV wieku coraz częściej przez zwierzęta pociągowe.
Druga co do długości europejska rzeka pozostawiła trwałe ślady w kulturze państw nadbrzeżnych i dalszych. Najsłynniejszy oddźwięk w kulturze Dunaj znalazł w muzyce – w walcu Nad pięknym modrym Dunajem pióra Johanna Straussa (syna) (skomponowanym i wykonywanym pierwotnie do innego tekstu). Innym dosyć popularnym walcem nawiązującym do rzeki jest utwór Fale Dunaju rumuńskiego kompozytora Iona (Iosifa) Ivanovici.
Morawa (lewy dopływ) dzisiaj stanowi granicę między Czechami i Słowacją oraz Austrią i Słowacją. Historyczną granicą Austrii i Węgier (do 1921) jest Litawa (prawy dopływ). Lewobrzeżnymi dopływami są natomiast rzeki Wörnitz uchodząca za Donauwörth, Altmühl za Kelheim, Naab oraz Regen koło Ratyzbony. Niemieckie prawe dopływy są większymi rzekami niż lewe – największy lewy dopływ Naab przynosi tylko 40 m³/s, czyli tyle, ile najmniejszy z wymienionych prawych, Iller. Do Dunaju uchodzą także liczne mniejsze rzeki, jak choćby Riß(inne języki), Roth, Lauter, Blau, Günz, Brenz, Mindel, Zusam, Schmutter, Paar, Abens, Große Laber, Vils, Ilz, Erlau czy Ranna. Odbudowy i infrastruktury, Yuriy Vaskov poinformował, że Ukraina planuje rozpocząć w tym roku prace nad pogłębieniem swojego kanału żeglugowego na Dunaju.
